1、对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
2、根据土壤墒情施用菌肥的最佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
3、不能和其他农药混用。为防止活菌致死，注意不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。
在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
4、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
5、因时制宜。生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。
综上就是菌肥施用过程中的一些注意事项介绍，要提高菌肥的利用率，就要多多注意这些问题。
