南瓜子含有南瓜子氨酸、脂肪油、蛋白质、维生素B、维生素E、维生素C等。中医认为南瓜子性平，味甘，归胃、大肠经，具有驱虫、消肿、辅助治疗糖尿病等功效，可用于治疗绦虫、蛔虫、百日咳，还有血吸虫病患者及产后手足浮肿或缺乳的人，也可用于治疗糖尿病人，前列腺肥大的患者都可以用于辅助治疗。

南瓜子具有很好的杀灭血吸虫幼虫的作用，对于已经成熟的成虫，也能使其变性和虫数减少，对于血吸虫病也有一定的治疗作用。由于前列腺的分泌激素功能要依靠脂肪酸，而南瓜子就富含脂肪酸，所以南瓜子可使前列腺保持良好功能。南瓜子中的钴元素含量比较丰富，能促进人体造血功能并参与维生素B12的合成，是胰岛细胞所必需的微量元素之一，所以糖尿病患者适合吃南瓜子，有降低血糖浓度的作用，对于改善高血糖有好处。不过，南瓜子不建议多吃，过量食用有可能导致头晕；有胃热病的人也建议少吃南瓜子，否则会感到腹胀。