食用菌在种植过程中温度过高，外加培养料比较厚，在发酵后料温还没有稳定且下降，这时就直接接种菌丝，那么极有可能会造成菌丝萎缩。

防治方法：在食用菌种植期要尽量错开高温期，将料温最好控制在25度以下，一旦出现高温引起菌丝萎缩现象，要立即翻堆通风，然后重新调节培养料的湿度，再次播种，确保菌丝生长顺利。

在培养料建堆是，很多加大了氮肥的施用量，或者是在发酵后期才加入了氮肥，这样的话就会导致培养料里面存在大大量的氨气，在接种后就会造成菌丝萎缩。

防治方法：在食用菌栽培过程中，在建堆时要适量键入化肥尿素等，这样能避免后期出现氨气，如果已经发现培养料中有氨气了，那么需要及时打开通风口，同时用甲醛进行翻料，等到没有氨气了后，再播种。

培养料过干也是会导致菌丝萎缩的，外加气候干旱，在菌丝萌发后吃料比较缓慢，时间一长就会萎缩。另外培养料水分过多，覆盖土壤时遇高温天气，也会造成菌丝氧气不足，出现萎缩现象。

防治方法：过干时可以盖一层比较湿的稻草，一般用石灰水浸泡即可，播种后遇干燥天气，可以在三天后关闭门窗。水分过多要注意控制，尤其是在堆料，不宜过高也不宜过低，如果翻堆是发现水分含量过高，要立即摊平晾晒。

在购买菌种已经发热了，菌种的活力自然就会下降，也有可能时购买菌种后没有及时栽种，只是菌种老化，自然生长比较缓慢。所以长势比较弱。

防治方法：在选择菌种极为重要，尽量选择适宜的培养料培育菌种，最好是萌发能力好、菌丝粗壮的品种。在购买菌种的时候尽量不要选择温度比较高的时候，也不要选用已经老化了的菌种。