食用菌生产中水分管理时非常重要的，覆土层的调水是水分管理中至关重要的技术环节，可以采取两种管理方法。一是采取喷雾方法，使得覆土层不是湿透而是洇透，1-2天能时覆土层达到最大持水量，这种方法对于菌丝影响较小，适合粘性土壤。第二种就是重打结菇水，采用的是浇洒方法，一次给足水，这种方法能有效地刺激菌丝由营养生长向生殖生长快速转化，适应理化性状较好的覆土材料。

在双孢菇出菇期棚室温度需要一直保持在11-20度之间，这是子实体最佳适宜生长温度，几乎不需要任何的调控，即可正常生长。而随着温度的降低，应该加强保温措施，可以采取覆盖保温膜、中午通风进行调节。近些年有些农户采取烧火墙、土暖气等办法，效果也很不错，低温季节只需保持在8度以上，即可满足子实体正常生长发育。

菇棚中通风效果如何，直接关系到后期的产量和品质，很多农户往往重视温度和水分管理，但是忽视了通风管理。菇棚通风处理菌丝体和子实体生长所需外，还能及时的排出和稀释二氧化碳，将多余的水分带出棚外，尤其是在棚内湿度过高时，这点非常重要。另外通风良好还能预防某些病害的发生，一般要求棚内二氧化碳浓度在0.05%左右，不要超过0.1%。

双孢菇最大的特点就是子实体生长阶段基本上不需要光照也能正常生长，但是在弱光条件下，对其生长发育又不会造成妨碍。所以在生产中可以将菇棚盖严，仅在入内操作时打开边角或通气孔即可，有条件时可开灯照明，人走灯灭。