1、幼苗带菌

辣椒本身根系较浅，不同于番茄和黄瓜的根系，所以在育苗时应该以养根为主，如果苗床没有做好消毒工作，那么苗期就会出现旺长现象。如果在引苗时待病菌，辣椒幼苗成活率必然很低，所以在引苗时不能只看品，还需观察幼苗发育情况。

2、土壤盐害

农户长期使用化肥，造成有机质含量过低，土壤透气性较差，而土壤板结也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一。而有些农户使用的农家肥未完全腐熟就施入，或者是过量使用氮肥，土壤盐渍程度严重，造成幼苗成活率低。

3、多年连作

多年连作造成土壤中的病原菌和虫卵累积严重，这些地块时非常不利于辣椒生长的，而如果和非十字花科的蔬菜实行三年以上的轮作，那么成活率会大大的提高。

4、浇水过大

在辣椒苗期一般不要采取大水漫灌，应该小水勤浇，高垄栽培，浇水过多会造成土壤湿度过低，尤其是低垄走，极易出现缺氧沤根现象，造成辣椒烂根。

5、虫害

一般用农家肥的地块虫害都比较养殖，地下害虫会对辣椒幼苗直接造成伤口，加强病菌的侵染，从而造成辣椒死棵。

首先是要引进无菌苗，尤其是要从正规育苗单位引苗；二是要在以前用微生物菌剂进行蘸根或者灌根，对于已经出现萎焉症状的幼苗及时用药剂灌根。而对于已经出现根腐现象，根部呈深褐色，首先要用多菌灵、恶霉灵进行灌根产量，之后再用复合微生物肥料进行灌根，这样可以大大的提高辣椒幼苗的成活率。对于地下虫害，可以用阿维菌素有机肥作冲肥，也可以用阿维菌素灌根，严禁使用剧毒农药。