1、土壤板结

辣椒幼苗在定植后，只会生长出2-3条次生根，其原因就是土壤板结引起的，造成根系生长不良。在保护地内土壤有机质含量过低时，土壤板结现象会加重，尤其是沙壤土，土壤通透性较差，往往会造成辣椒苗生长不良。而有效的解决措施就是增施有机肥，提高有机质的含量，改善土壤团粒结构和通透性，提高土壤的保水保肥力。

2、肥害

在生产过程中使用肥料过对，也会出现烧苗现象，这种现象一般会造成根系出现腐烂现象，如果不及时处理，可能会大量烧根。一旦出现肥害，应该及时划锄浇水，通过浇水稀释肥料浓度。

3、药害

造成辣椒药害主要有三个途径，一是在土壤药剂处理后，耕层没有充分的通风换气，土壤农药残留较多，严重影响到幼苗生长。二是定植时定植穴内使用农药过量，在定植时使用防治病害的农药，能有效的防治辣椒幼苗期病害，但是一旦药剂使用过量，就会出现药害。三是定植蘸根是药剂浓度过大，造成烧苗，在定植时用阿克泰、普力克、叶面肥等对苗子蘸根，定植以后起到对粉虱、蚜虫等的防治作用，同时促进苗子快速生长。但是一旦药剂浓度超过600倍，极易发生烧苗现象，从而引起幼苗生长不良。

应该在土壤墒情适宜的时候，抢晴栽苗，越是晴天移栽越有利于根土吻合，缩短缓苗期,快速恢复生长。在移栽时除了浇足定根水外，缓苗至开花前都不宜再浇水，连续干旱时只需轻度浇水即可，当幼果生长到3厘米左右是，遇干旱可灌灌，切忌大水漫灌。辣椒喜肥又怕肥，对于肥料比较敏感，所以施肥时应该做到有机肥和无机肥相结合，有机肥要经过沤制腐熟。应该苗期施用氮肥，但是不能过量施用氮肥，同时还有搭配磷钾肥和微量元素，防止缺素症发生。