在农药使用前，首先要了解病虫害发生的症状，做到对症下药，以免农药使用错误，造成不必要的影响。同时还需熟悉药剂的性质，了解杀虫剂和杀菌剂两大类的区别，二者不能相互替代。比如食用菌在发生眼蕈蚊、粪蚊时，敌百虫对菇类的成虫、幼虫有特效，但对螨类杀伤力差。而平菇对敌敌畏比较敏感，浓度稍大就会产生药害，最好最好改用敌百虫或者辛硫鳞。而双孢菇对敌百虫比较敏感，最好改用敌敌畏。

在使用时要根据药剂种类、病虫害、食用菌不同生长期来确定用药浓度，一般在播种前堆料以及菇房消毒时，药剂浓度可以适当高一些，播种后以及出菇前用药要严格控制在安全范围内，在子实体生长发育过程中浓度更要低一些。比如辛硫鳞加杀螨剂防治螨类等害虫，在堆料到出菇前可以用500倍液，而子实体阶段必须用药时应降至1000倍液。

在使用农药时，必须时在出菇前使用，或者将菇采净后在使用，切忌在菇期用药。因为食用菌的栽培周期短，药物极易残留而造成食物中毒，进而会对产品流通和消费产生严重影响，而有些农药也会对食用菌产生药害。

在农药的选择上，尽量选用高效低毒低残留的药剂，禁止使用剧毒农药，比较常用的杀菌剂有多菌灵、百菌清、代森锌、甲基托布津、波尔多液、石硫合剂等；常用的杀虫剂有辛硫磷、敌敌畏、敌百虫、杀灭菊醋等。无论时喷施、拌料、消毒，都严禁使用剧毒、残留时间长的药剂，比如有机汞、有机磷等。同时也要注意药剂的交替使用，以免产生抗药性而降低药效。